关于花木兰的结局，后人有两种说法：
第一结局：归隐山林。
有传说，花木兰征战多年凯旋而归后，皇帝要对她封赏。此时，花木兰的身份再也无法隐瞒了，于是主动向皇帝“坦白认罪”。结果皇帝念其立下功劳，便赦免了她的欺君之罪，同时认为她能力出众，忠厚老实，赐她高官厚禄。结果木兰再做惊人之举，她以家中父母年迈，需要人照顾为由，拒绝了皇帝的美意，毅然归隐山林了。
第二种结局：自剔而死。
传说，花木兰凯旋而归后，皇帝亲自接见她并要封赏她，结果看到她不但是未出阁的女儿身，而且貌美如花，便想纳她为妃。
花木兰当然不愿意，但又无法直接拒绝皇帝，便委婉提出了“三宗愿”，希望皇帝兑现。
皇帝自然答应不迭。花木兰便说出了“三宗愿”：一是请陛下颁令，从今日起，女子也可参加选举，习文弄武，为国效力;二上女子地位太过卑微，望日后得到公平，男可娶女，女也可娶男，以达到女子也可传递香火的目的;三是无论寻常百姓还是皇帝，都只可娶一妻相守，违者重罚。
皇帝听完后，大笑地说了4个字：女子之见。便没了下文。当天傍晚下了圣旨，封其为贵妃，而对花木兰的“三宗愿”却一字末提。
花木兰不肯就范，只好称病推拒。皇帝贵为九五之尊，当然不会罢休，便连下三道圣旨，花木兰见状长叹一声，自缢而亡。
当然，无论花木兰的结局如何，她以自己的勇猛和忠贞被后人列为古代四大巾帼英雄之一。后人在其家乡修建木兰祠，祠堂大殿，而到了唐朝时，唐高宗更是给她四字嘉评：孝烈将军。