1、染料：孔雀石绿可用作丝绸、皮革和纸张的染料。商品孔雀石绿染料，是将色素溶于热草酸溶液，冷却后得草酸盐的结晶，2C23H24N2．C2H2O4。或用盐酸中和后，加定量的氯化锌ZnCl2结晶出氯化锌复盐3C23H25N2CL.2ZnCl2，成为绿色碱性染料，用于染羊毛，丝，皮革等，是专职的染料。
孔雀石绿可用作生物染色剂，把细胞或细胞组织染成蓝绿色，方便在显微镜下研究，可用于植物病毒感染的宿主细胞染色，细菌、芽胞染色，红细胞、蛔虫卵染色。
2、杀菌剂：孔雀石绿可用作治理鱼类或鱼卵的寄生虫、真菌或细菌感染，对付真菌Saprolegnia特别有效，渔场的鱼卵会感染这种真菌。孔雀石绿也常用作处理受寄生虫影响的淡水水产。用作抑菌剂或杀阿米巴原虫剂；对脂鲤和鲶鱼等海产动物来说，有高度毒性、高残留等副作用，故使用时，通常只下一半份量。
3、用作细菌多醣体试剂。
4、用作临床诊断试剂(无机磷酸盐的测定)。
5、用作镓、钽、锑的光度测定；钨的催化光度测定；点滴试验亚硫酸盐和铈、钨。
6、用作酸碱指示剂，pH 0.0(黄)～2.0(绿)，11.6(蓝绿)～14(无色)。
7、用作氧化还原指示剂。