被流量劫持后的恶意软件攻击是一种严重的网络安全问题，管理者需要立即采取措施来处理和防范。首先，对于已经受到攻击的系统，应立即隔离受感染的设备，以防止恶意软件进一步传播。然后，应对受感染设备进行全面的杀毒和清理操作，确保恶意软件被彻底清除。同时，建议对网络流量进行监控，寻找流量劫持的源头，并及时阻断恶意流量。另外，管理者还应加强网络安全意识教育，提高员工对恶意软件攻击的防范意识，避免类似事件再次发生。
除此之外，管理者可以考虑加强网络安全设备的投入，如防火墙、入侵检测系统等，以提高网络安全防护能力。定期进行安全漏洞扫描和补丁更新也是非常重要的措施，以防止恶意软件利用系统漏洞进行攻击。另外，建议建立应急响应预案，明确应对流量劫持和恶意软件攻击的处理流程和责任人，以便在发生类似事件时能够迅速有效地应对。
一个案例是某公司发现大量员工电脑因为流量劫持而受到恶意软件攻击，导致公司内部网络陷入混乱，严重影响了正常的办公和业务运作。经过紧急处理和全面清理，公司采取了加强网络安全设备投入、加强员工安全意识教育等措施，有效地防范了类似事件再次发生，恢复了正常的网络秩序和业务运作。