藿香正气水是由藿香、苍术、陈皮、茯苓、大腹皮、半夏、甘草等中药组成，少数体质敏感的人服用后可能会因为酒精或其他药用引起过敏，如果再和其它敏性食物一起吃，会容易增加过敏风险，常见致敏食物有芹菜、牛奶、鸡蛋、芒果、坚果等。
头孢类药物头孢类药物如头孢哌酮、头孢哌酮舒巴坦、头孢曲松、甲硝唑等，这些药物中的成分如果和以乙醇作为辅料藿香正气水同服用的话，会出现“双硫仑样反应”，这种反应一般表现为心律突然增加、面部潮红、胃肠刺激、恶心呕吐等，倘若出现双硫仑样反应，轻则可自行消退，无需特殊处理，重则应立即就医治疗。
解热镇痛药解热镇痛药如阿司匹林、扑热息痛、布洛芬、萘普生、美洛昔康、去痛片等，这类药物与藿香正气水中同服可加剧酒精对胃的刺激，甚至出现胃出血症状，特别是乙醇与扑热息痛，可造成肝功能负担加重，机体解毒机制受损，肝细胞结构受损，甚至引起肝坏死。
心血管药常见的心血管药物如硝酸甘油、利血平、甲基多巴、肼屈嗪、胍乙啶等，这些药物有迅速扩张血管的作用，如果与藿香正气水中的酒精同用的话，轻则会加剧头痛不适，重则甚至会引起血压下降、血脂升高、肠胃不适，对健康造成不利影响。
藿香正气水不适合什么人喝酒精过敏者藿香正气水中添加了一定量的酒精，对酒精过敏的人服用了后可能会出现发热胸闷、皮肤发红、皮疹瘙痒、血压降低、腹痛腹泻等过敏症状，这类人群最好不要饮用含酒精的饮品。
机器操作者藿香正气水中添加40%-50%的乙醇，机器操作者服用后不得马上驾驶机、车、船、高空作业、机械作业及操作精密仪器，以免出现事故，建议喝完后休息30分钟再工作。