贵州威宁草海国家级自然保护区划分为三大功能区，即核心区、缓冲区、实验区。
(1)核心区
草海自然保护区的核心区主要包括簸箕湾、胡叶林、朱家湾、西海、吴家岩头和阳关山等地集中分布有浅水沼泽、莎草湿地、草甸、草地等珍稀濒危水禽栖息地、觅食区。历史已经证明，草海水位的状况决定着草海水文和湿地面积，在影响草海黑颈鹤等越冬种群数量上起着十分重要的作用。因此，为全面、有效保护草海湿地生态系统和珍稀濒危水禽，其核心区范围以草海一年中最高水位2172.0m时形成的浅水沼泽、莎草湿地、草甸、草地等珍稀濒危水禽栖息地、觅食区和水生生物群落集中分布区及部分水域来界定，面积共2162.05平方千米，占保护区总面积的22.52%。
(2)缓冲区
贵州威宁草海国家级自然保护区缓冲区范围以核心区外围100～500m的陆地和水域来界定，面积为539.51平方千米，占保护区面积的5.62%。
(3)实验区
保护区内缓冲区以外的其余区域，面积为6898.44平方千米，占保护区面积的71.86%。
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