創新基地
1.
建立深港傳染病研究中心
2. 建立深港創新圈互動基地，為兩地企業提供支援服務 3. 建設香港院校深圳產學研基地 4. 建設毫米波國家重點實驗室深圳基地
5. 為全自動晶圓檢測機合作專案建設開放性研發基地 6. 鼓勵香港研發中心在深圳建立分部 7. 鼓勵香港科技創業者在深圳大學城創業園
8. 建立聯合實驗室，進行數字訊號處理（DSP）以及集成電路（IC）技術研究
服務平台
1.
構建以運動控制技術為核心的公共技術平台 2. 設立深港IC設計創新服務平台 3. 推動光明新區產業轉移和升級中心 4. 建立深港工業設計創新科技成果轉化中心 5. 建立深港工業設計資訊中心和培訓中心 6. 建立深港設計中心創意產業園區 7. 建立深港基因組學個體化醫學研究中心
8. 加強南山和香港合作為主體的深港知識服務業聯盟 9. 設立無線自組網技術服務平台
10. 加強香港與深圳的科技人才培訓與交流 11. 加強香港與深圳的科技團體的交流 12. 加強深港學生的科學交流與合作計劃
重大專項
1.
電子產品編碼（EPC）和射頻識別（RFID）聯合應用專項研究 2. 食品安全及藥品安全專項研究
3. 愛滋病聯合防治專項研究 4. 太陽能電池生產技術專項研究
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