法律分析:
1,应支付加班工资。 2,该工时制度不涉及违法的问题，根据双方约定可采取综合工时或其他工时制度，但是超出规定工时的工作时间按照加班，由单位向员工支付加班工资。
法律依据:
《中华人民共和国劳动法》 第三十六条 劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时。 第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。 第三十九条企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十一条 用人单位应当严格执行劳动定额标准，不得强迫或者变相强迫劳动者加班。用人单位安排加班的，应当按照国家有关规定向劳动者支付加班费。
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