最主要的原因在于：认证信息与实际数不一致，申报数据比对也会不通过。或者纳税人在进行网上申报时，由于销项税额汇总数四舍五入的原因，显示申报数据比对不通过，也会造成附表一销项（应纳）税额与企业抄报税销项税额存在误差。
一、增值税申报办法
新申报办法主要调整内容
1 、不改主表格式，通过重新设计、调整或增加附表的方式，实现营改增的相关政策，不影响地方收入。
2 、按货物劳务与应税服务销项税额比例直接划分应纳税额、从而间接划分本期应补退税额的方法，实现会统部门的税款分别开票、分别入库需要。
3、调整的内容充分满足营改增业务申报的实际需要。
4、试点地区所有增值税纳税人均按新的增值税纳税申报办法进行纳税申报。
5 、附表一、二相关栏次的填报不再实行报税系统，认证信息系统数据直接导入，必须由企业自己填报。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第一条 在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务(以下简称劳务)，销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
第二十三条 增值税的纳税期限分别为1日、3日、5日、10日、15日、1个月或者1个季度。纳税人的具体纳税期限，由主管税务机关根据纳税人应纳税额的大小分别核定；不能按照固定期限纳税的，可以按次纳税。
纳税人以1个月或者1个季度为1个纳税期的，自期满之日起15日内申报纳税；以1日、3日、5日、10日或者15日为1个纳税期的，自期满之日起5日内预缴税款，于次月1日起15日内申报纳税并结清上月应纳税款。
扣缴义务人解缴税款的期限，依照前两款规定执行。
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