1、在破产时发现股东出资不实，由管理人要求出资不实的出资人缴纳所认缴的出资。
2、根据《企业破产法》第三十五条规定，人民法院受理破产申请后，债务人的出资人尚未完全履行出资义务的，管理人应当要求该出资人缴纳所认缴的出资，而不受出资期限的限制。
股东若没有按章程约定的义务缴纳出资额，除了需要补足出资外。该股东的股东权利受到限制，比如只能按照按照实缴的出资比例分取红利、行使表决权等。在股东拒绝履行出资义务时，公司得以自身的名义向股东提起诉讼，要求其承担相应责任。出资不足的股东，对于公司的债务应当承担连带清偿责任;如实出资的股东，仅以其出资额为限，对公司债务承担有限责任。
相关法律规定
《企业破产法》第三十五条，人民法院受理破产申请后，债务人的出资人尚未完全履行出资义务的，管理人应当要求该出资人缴纳所认缴的出资，而不受出资期限的限制。
股东出资不实如何处理呢
一、追究该股东的出资义务及违约责任
公司全面出资的股东有权提起诉讼，要求该股东全面履行出资义务，同时按照公司章程或出资协议承担违约责任。
根据《公司法》第二十八条规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。
股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定(三)》第十三条规定，股东未履行或者未全面履行出资义务，公司或者其他股东请求其向公司依法全面履行出资义务的，人民法院应予支持。
二、要求该股东将未出资的股权内部转让
出资到位的股东可以与该股东协商要求其将未出资部分的股权内部转让，之后由受让股权的股东履行出资义务。
《公司法》第七十一条规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。
出资不实大股东刑事责任是什么
股东出资不实是指公司股东在公司设立或增加注册资本时，违反公司章程规定，未出资或出资不足，以及在出资后抽逃出资的行为。
出资不实的大股东的刑事责任，可能因其出资不足，构成虚假出资、抽逃出资罪而被追究刑事责任。
《刑法》第一百五十九条，公司发起人、股东违反公司法的规定未交付货币、实物或者未转移财产权，虚假出资，或者在公司成立后又抽逃其出资，数额巨大、后果严重或者有其他严重情节的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处虚假出资金额或者抽逃出资金额百分之二以上百分之十以下罚金。
单位犯前款罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处五年以下有期徒刑或者拘役。
清算人进行清算时，股东未缴纳的出资如何处理？
应作为清算财产，进行清算。根据法律的规定，公司破产时，股东尚未缴纳的出资，包括到期应缴未缴和分期缴纳尚未届满缴纳期限的出资，应作为清算财产。公司财产不足以清偿债务时，债权人可以主张未缴出资股东，以及公司设立时的其他股东或者发起人在未缴纳出资范围内对公司债务承担连带责任。
有限责任公司，股东以认缴的出资额为限，对公司承担有限责任。股东需根据公司章程及股东出资协议按期足额缴纳出资，股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。
相关法律规定
《最高人民法院关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（二）》第二十二条公司解散时，股东尚未缴纳的出资均应作为清算财产。股东尚未缴纳的出资，包括到期应缴未缴的出资，以及依照公司法第二十六条和第八十一条的规定分期缴纳尚未届满缴纳期限的出资。
公司破产清算股东不配合怎么处理
公司破产清算股东不配合可以让不配合的股东对公司债务承担连带责任。有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东未在法定期限内成立清算组开始清算，导致公司财产贬值、流失、毁损或者灭失，债权人主张其在造成损失范围内对公司债务承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。
公司破产股东资产清算的程序
公司破产股东资产清算的程序是：
1、调查和清理公司财产。清算组在催告债权人申报债权的同时，应当调查和清理公司的财产。根据债权人的申请和调查清理的情况编制公司资产负债表、财产清单和债权、债务目录。应当指出的是，清算组在编制资产负债表时，不得将公司财产价值低估。
2、制订清算方案。编制公司财务会计报告之后，清算组应当制订清算方案，提出收取债权和清偿债务的具体安排。
3、提交股东会通过或者报主管机关确认。清算方案是公司清算的总方案。因此，股份有限公司的清算组应将清算方案提交股东大会通过。但是，有限责任公司的清算组成员是由股东组成的，所以，无须提交股东会另行通过。将清算方案提交有关主管机关确认的规定，适用于因违法而解散的清算公司。
4、另外，如果公司清算组在清理公司财产、编制资产负债表和财产清单时，发现公司财产不足清偿债务的，清算组有责任立即向有管辖权的人民法院申请宣告破产。经人民法院裁定宣告破产后，清算组应当将清算事务移交人民法院。 该内容由 梅晓东律师 和 律说律答 共创回答
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