施工合同逾期付款违约金的计算按照合同约定，无约定则按逾期付款金额每日万分之五计算。施工合同逾期付款违约纠纷的诉讼流程包括起诉、答辩、开庭审理、调查阶段、法庭辩论等。诉讼时效期间为三年，自权利受损之日起计算，超过二十年不予保护，特殊情况可申请延长。
法律分析
一、一般施工合同逾期付款违约金怎么算?
施工合同逾期付款违约金的计算，以合同约定为准，合同没有约定的，逾期付款违约金，应当按照逾期付款金额每日万分之五计算。
《中华人民共和国民法典》
第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、施工合同逾期付款违约纠纷的诉讼流程是怎样的?
1、原告起诉。
2、法院受理后将起诉书副本送达被告。
3、被告在十五日内提交答辩状,法院在五日内将答辩状副本送达原告如果被告不提交答辩状,不影响审理。
4、决定开庭审理的案件,法院在三日前通知当事人并公告。
5、法庭调查阶段包括:当事人陈述;告知证人的权利义务，证人作证，宣读未到庭的证人证言;出示书证、物证和视听资料;宣读鉴定结论;宣读勘验笔录。
6、法庭辩论包括:原告及其诉讼代理人发言;被告及其诉讼代理人答辩;第三人及其诉讼代理人发言或者答辩;互相辩论。
法庭辩论终结，由审判长按照原告、被告、第三人的先后顺序征询各方最后意见。
7、法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。
8、判决宣告。
三、施工合同逾期付款违约纠纷的诉讼时效是怎么规定的?
《中华人民共和国民法典》
第一百八十八条【普通诉讼时效、最长权利保护期间】向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
结语
根据上述内容，施工合同逾期付款违约金的计算应以合同约定为准，若合同未约定，则按照逾期付款金额每日万分之五计算。施工合同逾期付款违约纠纷的诉讼流程包括起诉、答辩、开庭审理、调查阶段、法庭辩论等。诉讼时效期间为三年，自权利受到损害之日起计算。根据《中华人民共和国民法典》的规定，人民法院不予保护超过二十年的诉讼时效，特殊情况下可以延长。
法律依据
中华人民共和国民法典：第十八章 建设工程合同 第八百零六条 承包人将建设工程转包、违法分包的，发包人可以解除合同。
发包人提供的主要建筑材料、建筑构配件和设备不符合强制性标准或者不履行协助义务，致使承包人无法施工，经催告后在合理期限内仍未履行相应义务的，承包人可以解除合同。
合同解除后，已经完成的建设工程质量合格的，发包人应当按照约定支付相应的工程价款；已经完成的建设工程质量不合格的，参照本法第七百九十三条的规定处理。
中华人民共和国招标投标法（2017修正）：第二章 招 标 第十三条 招标代理机构是依法设立、从事招标代理业务并提供相关服务的社会中介组织。
招标代理机构应当具备下列条件：
（一）有从事招标代理业务的营业场所和相应资金；
（二）有能够编制招标文件和组织评标的相应专业力量。
中华人民共和国建筑法（2019修正）：第三章 建筑工程发包与承包 第一节 一 般 规 定 第十五条 建筑工程的发包单位与承包单位应当依法订立书面合同，明确双方的权利和义务。
发包单位和承包单位应当全面履行合同约定的义务。不按照合同约定履行义务的，依法承担违约责任。
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