水功能区的划定应当协调好与国民经济和社会发展、主体功能区、土地利用、城市建设等相关规划的关系，并遵守《中华人民共和国水法》规定的程序和水功能区划有关标准。
水功能区分为一级区和二级区。一级水功能区宏观上解决水资源开发利用与保护的问题，主要协调地区间用水关系，长远考虑可持续发展的需求，包括保护区、保留区、缓冲区和开发利用区。二级水功能区对一级水功能区中的开发利用区进行划分，主要协调用水部门之间的关系，包括饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区和排污控制区。
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