检查院不起诉不会留案底，检察院起诉的方法如下：
1、经审查认为有犯罪事实，需要追究刑事责任的，制作《立案决定书》；
2、经审查认为没有犯罪事实，应制作《不立案通知书》，将不立案的原因和理由通知控告；
3、经审查认为控告、检举的犯罪事实不清、需要补充材料才能确定立案或不立案的，可以通知控告、检举单位补充材料；
4、对审查的案件，根据不同情形作出提起公诉或不起诉的决定。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第十九条
【职能管辖】刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。
人民检察院在对诉讼活动实行法律监督中发现的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，可以由人民检察院立案侦查。对于公安机关管辖的国家机关工作人员利用职权实施的重大犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。
自诉案件，由人民法院直接受理。
检察院的职责是什么
1、对于叛国案、分裂国家案以及严重破坏国家的政策、法律、政令统一实施的重大犯罪案件，行使检察权；
2、对于直接受理的国家工作人员利用职权实施的犯罪案件，进行侦查；
3、对于公安机关、国家安全机关等侦查机关侦查的案件进行审查；
4、对于刑事案件提起公诉；
5、对于执行机关执行刑罚的活动是否合法实行监督；
6、对于人民法院的民事审判活动实行法律监督；
7、对于行政诉讼实行法律监督。
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