1、行为性质的不同。滥用职权罪在客观方面的本质属性是对职权的“滥用”，玩忽职守罪在客观方面的本质属性是对职守的“玩忽”。
2、行为方法的不同。滥用职权罪主要表现为作为，玩忽职守罪多数表现为不作为。
3、立案条件的不同。根据相关司法解释，滥用职权造成死亡1人，或者重伤2人、轻伤5人以上即可立案忽职守除造成死亡1人以外，重伤要3人、轻伤10人以上才能立案。滥用职权造成直接经济损失达20万元即可立案忽职守则要30万元才能立案。
4、犯罪客体的不同。滥用职权罪的直接客体是国家机关工作人员职务活动的正当性，玩忽职守罪的直接客体是国家机关工作人员职务活动的勤政性。
法律依据:
《中华人民共和国刑法》 第三百九十七条 国家机关工作人员滥用职权或者玩忽职守，致使公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑。本法另有规章的，依照规章。 国家机关工作人员徇私舞弊，犯前款罪的，处五年以下有期徒刑或者拘役节特别严重的，处五年以上十年以下有期徒刑。本法另有规章的，依照规章。
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