被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十五条规章的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》
第一百七十七条 犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十五条规章的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规章不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的;
(二)犯罪已过追诉时效期限的;
(三)经特赦令免除刑罚的;
(四)依照刑法告诉才处置的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的;
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的;
(六)其他法律规章免予追究刑事责任的。
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