宅基地因自然灾害等原因灭失的使用权会消灭。
宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，包括住房、附属用房和庭院等用地，在地类管理上属于（集体）建设用地。宅基地使用权，是指农村居民对集体所有的土地占有和使用，自主利用该土地建造住房及其附属设施，以供居住的用益物权。宅基地使用权人依法享有对集体所有的土地占有和使用的权利，有权依法利用该土地建造住房及其附属设施。
宅基地使用权是我国特有的用益物权类型，其立法背景和政策背景是在我国实行多年的城乡“二元化”体制和政策，即农村人口和城市人口严格区分的政策。这种政策除了民事主体的不平等之外，还存在阻止农民进城，把农民隔离在现代化社会之外的严重缺陷。随着改革开放的深入和城市化进程的加快，农民进城务工越来越多，脱离农村，长期居住在城市，而有些发达地区的农民住房不断进入市场进行交易，农村住房的流转也面临新的问题，宅基地使用权面临着越来越强烈的改革呼声。
由于宅基地使用权是农民集体所有土地的衍生权利，因此，对于宅基地使用权转让有严格的限制。为了防止农村集体用地面积的减少和本村集体经济组织成员权益的保障，转让双方都必须是同一农村集体经济组织成员。
农村宅基地使用权有着特定的身份限制，非农村集体经济组织成员不得享有，但农村住房是可以出卖的，相应的宅基地使用权随着房屋的转让而有条件的转让。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第三百六十四条 宅基地因自然灾害等原因灭失的，宅基地使用权消灭。对失去宅基地的村民，应当依法重新分配宅基地。
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