新农合办理住院流程如下：
1、住院：当农民因疾病住院时，应该尽快通知所在的新农合经办机构或者村委会等相关部门；
2、报销申请：住院期间，农民需要向医院索取相关收费发票和住院证明等材料，并在出院前向所在的新农合经办机构提交报销申请。申请时需要提供病历、住院证明、费用清单等相关资料；
3、审核：新农合经办机构会对农民提交的报销申请进行审核，核实费用清单和住院证明等材料的真实性和合法性。若审核通过，则可进行费用报销；
4、报销：经审核通过后，新农合经办机构会将符合报销要求的费用转入农民的个人账户中，农民可凭转账记录或者相关证明材料向医院结算。
新农合办理住院材料：
1、新农合医疗保险证：需要提供新农合医疗保险证原件及复印件；
2、身份证/户口本：需要提供住院患者的身份证或户口本原件及复印件；
3、住院证明：需要提供住院医院出具的住院证明原件及复印件。住院证明应包括住院日期、住院部门、住院医生、诊断等信息；
4、住院医疗费用清单：需要提供住院医院出具的医疗费用清单原件及复印件。医疗费用清单应包括医疗项目、收费标准、费用金额等信息；
5、住院发票：需要提供住院医院出具的住院发票原件及复印件。住院发票应包括住院日期、住院部门、诊断、费用金额等信息；
6、其他相关证明材料：如特殊疾病的诊断证明、手术记录、病例资料等相关证明材料原件及复印件。
综上所述，在办理时需要确保所提供的证明材料真实、准确，并按照要求进行操作，以避免因信息不准确或操作不当而造成不必要的麻烦。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。
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