擅自变更土地使用用途的处罚是由县级以上人民政府土地行政主管部门责令交还土地，处以罚款，没有经过批准就擅自改变土地性质的这种行为，有可能就构成了非法占地行为，情节非常严重的，甚至要追究刑事责任的。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》 第五十六条 建设单位使用国有土地的，应当按照土地使用权出让等有偿使用合同的约定或者土地使用权划拨批准文件的规定使用土地需改变土地建设用途的，应当经国土资源主管部门同意，报原批准用地的人民政府批准。其中，在城市规划区内改变土地用途的，在报批前，应当先经有关城市规划主管部门同意。
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