1、公司资不抵债而申请破产之后，公司的不动产、动产等就会进行清算，赔偿的钱大多是从这里面出。2、根据《破产法》第一百一十三条规定，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，依照下列顺序清偿：(一)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用，所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用，以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金(二)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款(三)普通破产债权。
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