法律分析：不合法。公司制度规定旷工扣三倍工资是不合法的，中劳法中有明确条例，在伤害人身健康以及利益的情况下签署的合同无效，而且中劳法有规定，扣除工资最高只是当日工资的百分之七十，或月终奖金的百分之三十。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》 第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《中华人民共和国劳动合同法》 第四十六条 有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
(二)用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；
(三)用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；
(四)用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；
(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；
(六)依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；
(七)法律、行政法规规定的其他情形。
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