公务护照和公务普通护照的区别如下：
1、颁发对象不同。公务护照：公务护照主要颁发给各级政府部门副处级以上官员、派驻国外的外交代表机关、领事机关和驻联合国组织系统及其专门机构的工作人员及其随行配偶、未成年子女等。公务普通护照：一般发给国家派出的研究生、留学生、访问学者和工程技术人员等；
2、护照样式不同。公务护照：护照封皮是黑色底或者绿色底、金字，正中是中华人民共和国国徽，国徽上方印有中华人民共和国”，下方印有公务护照”。公务普通护照：护照封皮是黑色底或者绿色底、金字，正中是中华人民共和国国徽，国徽上方印有中华人民共和国”，下方印有公务普通护照”；
3、颁发单位不同。公务护照：由中华人民共和国外交部负责签发。公务普通护照：由中华人民共和国外交部或地方外办。
法律依据：《中华人民共和国护照法》第一条
为了规范中华人民共和国护照的申请、签发和管理，保障中华人民共和国公民出入中华人民共和国国境的权益，促进对外交往，制定本法。
第二条
中华人民共和国护照是中华人民共和国公民出入国境和在国外证明国籍和身份的证件
任何组织或者个人不得伪造、变造、转让、故意损毁或者非法扣押护照。
第三条
护照分为普通护照、外交护照和公务护照。
护照由外交部通过外交途径向外国政府推介。
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