农民工资的保证金的缴纳比例是根据工程价款来决定的：100万元以下的缴纳百分之五；100万到200万的缴纳百分之四；200万到500万的缴纳百分之三；500万以上的的缴纳百分之二；另外特殊的情况按特殊的缴纳。
《工程建设领域农民工工资保证金规定》第十九条第一款
施工总承包单位所承包工程发生拖欠农民工工资的，经人力资源社会保障行政部门依法作出责令限期清偿或先行清偿的行政处理决定，施工总承包单位到期拒不履行的，属地人力资源社会保障行政部门可以向经办银行出具《农民工工资保证金支付通知书》（以下简称《支付通知书》），书面通知有关施工总承包单位和经办银行。经办银行应在收到《支付通知书》5个工作日内，从工资保证金账户中将相应数额的款项以银行转账方式支付给属地人力资源社会保障行政部门指定的被拖欠工资农民工本人。
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