保护碱基列表

PCR设计引物时酶切位点的保护

切割率% 酶 AccI 寡核苷酸序列 2hr GGTCGACC CGGTCGACCG CCGGTCGACCGG 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 50 >90 >90 10 >90 >90 0 75 25 0 0 50 0 0 25 25 0 0 >90 50 >90 >90 >90 20hr 0 0 0 0 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 >90 25 >90 >90 0 >90 >90 0 0 >90 10 0 50 >90 0 0 >90 50 >90 >90 >90 AflIII CACATGTG CCACATGTGG CCCACATGTGGG AscI GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA AvaI CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA BamHI CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCGCG BglII CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC BssHII GGCGCGCC AGGCGCGCCT TTGGCGCGCCAA BstEII BstXI GGGT(A/T)ACCC AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT ClaI CATCGATG GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG EcoRI GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG 仅供个人学习参考

HaeIII GGGGCCCC AGCGGCCGCT TTGCGGCCGCAA >90 >90 >90 0 0 10 0 >90 >90 0 25 0 50 0 0 0 0 75 75 0 10 10 0 10 10 25 25 10 >90 0 0 0 0 0 0 75 >90 >90 >90 0 0 75 0 >90 >90 0 50 0 75 0 0 0 0 >90 >90 0 25 50 0 10 10 90 >90 >90 >90 0 25 >90 0 25 50 >90 HindIII CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG KpnI GGGTACCC GGGGTACCCC CGGGGTACCCCG MluI NcoI NdeI GACGCGTC CGACGCGTCG CCCATGGG CATGCCATGGCATG CCATATGG CCCATATGGG CGCCATATGGCG GGGTTTCATATGAAACCC GGAATTCCATATGGAATTCC GGGAATTCCATATGGAATTCCC NheI GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG NotI TTGCGGCCGCAA ATTTGCGGCCGCTTTA AAATATGCGGCCGCTATAAA ATAAGAATGCGGCCGCTAAACTAT AAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA NsiI PacI TGCATGCATGCA CCAATGCATTGGTTCTGCAGTT TTAATTAA GTTAATTAAC CCTTAATTAAGG PmeI GTTTAAAC GGTTTAAACC GGGTTTAAACCC AGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG 仅供个人学习参考

PstI GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA AACTGCAGAACCAATGCATTGG AAAACTGCAGCCAATGCATTGGAA CTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT 0 10 >90 >90 0 0 10 0 10 0 50 0 10 10 0 10 >90 >90 0 0 25 10 10 0 >90 0 50 75 PvuI CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA SacI SacII SalI CGAGCTCG GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA GTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGC GCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGG ACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA ScaI SmaI GAGTACTC AAAAGTACTTTT CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA 10 75 0 0 10 >90 10 10 0 0 0 0 10 >90 >90 >90 0 >90 75 75 0 10 10 25 75 10 10 50 >90 >90 >90 50 50 0 25 50 >90 >90 >90 0 >90 >90 >90 0 25 75 SpeI GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG SphI GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT StuI AAGGCCTT GAAGGCCTTC AAAAGGCCTTTT XbaI CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG XhoI CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG 仅供个人学习参考

XmaI CCCCGGGG CCCCCGGGGG CCCCCCGGGGGG TCCCCCCGGGGGGA 0 25 50 >90 0 75 >90 >90 注释：

1．如果要加在序列的5‘端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5’端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3‘端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3’端加上相应的碱基（黑色）。

2．切割率：正确识别并酶切的效率 3。加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。

仅供个人学习参考