1. Fluo-3 AM （钙离子荧光探针）
原理 Fluo-3 AM是一种可以穿透细胞膜的荧光染料。Fluo-3 AM的荧光非常弱，进入细胞后可以被细胞内的酯酶剪切形成Fluo-3，从而被滞留在细胞内，和细胞内游离的钙离子结合，结合钙离子后可以产生较强的荧光。
生理意义 细胞内钙离子增多是细胞损伤的结果，因此此探针能表征细胞损伤程度
激发波长506nm 发射波长 526nm （绿色）
备注 推荐使用
2. Mag-fura-2 AM（钙离子荧光探针）
原理Fura-2 AM是一种可以穿透细胞膜的荧光染料。Fura-2 AM进入细胞后可以被细胞内的酯酶剪切形成Fura-2，从而被滞留在细胞内。Fura-2可以和钙离子结合，结合钙离子后在330-350nm激发光下可以产生较强的荧光，而在380nm激发光下则会导致荧光减弱。这样就可以使用340nm和380nm这两个荧光的比值来检测细胞内的钙离子浓度，可以消除不同细胞样品间荧光探针装载效率的差异，荧光探针的渗漏，细胞厚度差异等一些误差因素。
生理意义 细胞内钙离子增多是细胞损伤的结果，因此此探针能表征细胞损伤程度
激发波长为340nm和380nm 发射波长 510nm （蓝色）
备注 仪器滤光片不适用
3 Fluo-4-AM （钙离子荧光探针）
原理Fluo 4 是一种将Fluo 3结构中的Cl替换成F的钙荧光探针。由于将Cl替换成了电子吸引力更强的F，它的最大激发波长会向短波长处偏离10 nm左右。所以用氩激光器激发时，Fluo 4的荧光强度比Fluo 3强1倍。由于Fluo 4与钙离子的亲和力和Fluo 3近似，所以使用上和Fluo 3也基本相同
生理意义 细胞内钙离子增多是细胞损伤的结果，因此此探针能表征细胞损伤程度
激发波长494nm 发射波长516nm （绿色）
备注 用激光器激发时荧光强度强，因此不推荐
4. DCFH-DA （活性氧荧光探针）
原理DCFH-DA本身没有荧光，可以自由穿过细胞膜，进入细胞内后，被细胞内的酯酶水解生成DCFH。而DCFH不能通透细胞膜，从而使探针很容易被装载到细胞内。细胞内的活性氧可以氧化无荧光的DCFH生成有荧光的DCF。
生理意义 检测细胞内活性氧表征细胞损伤程度
激发波长485nm 发射波长 520nm （绿色）
备注 推荐使用
5. DHR 123 （活性氧荧光探针）
原理 本身无荧光, 在超氧化酶存在时可被过氧化氢 (H2O2)氧化, 转变成发射绿色荧光的罗丹明123 (Rhodamine 123), 因此广泛应用于检测细胞内活性氧(ROS), 如过氧化物, 次氯酸和过氧亚硝基阴离子等。
生理意义 检测细胞内活性氧表征细胞损伤程度
激发波长507nm 发射波长 529nm （绿色）
备注 氧化后成罗丹明123，荧光强度可能受到线粒体膜电位的影响
6. RhodamineI23 （线粒体膜电位荧光探针）
原理 细胞膜通透的阴离子绿色荧光染料, 能够迅速被活线粒体摄取, 而无细胞毒性。
生理意义 标记线粒体膜电位
激发波长488nm 发射波长515 ~ 575nm （绿色）
生理意义 检测线粒体膜电位
备注 正在使用
7. Hoechst 33342 （DNA荧光探针）
原理 Hoechst 33342是一种可对DNA 染色的细胞核染色试剂，常用于细胞凋亡检测。Hoechst染料可透过细胞膜在聚AT序列的富集区域的小沟处与DNA结合并对DNA
染色而发出强烈的蓝色荧光。
生理意义 标记双链DNA
激发波长355nm 发射波长465nm （蓝色）
备注 正在使用
8. FDA
原理 FDA可透过细胞膜并作为荧光素积蓄在活细胞内。
生理意义 反映细胞膜完整性和细胞活力
激发波长495nm 发射波长520nm （绿色）
备注 正在使用
9. PI （DNA荧光探针）
原理 它不能透过完整的细胞膜，但能透过凋亡中晚期的细胞和死细胞的膜而将细胞核染红，与细胞核中的DNA结合的PI发出的荧光，与未结合的PI相比，强度会增强20-30倍。
生理意义 检测死细胞及凋亡晚期细胞
激发波长530nm 发射波长615nm （红色）
备注 尝试过，但效果不好
10. EB （核酸荧光探针）
原理 EB，不能透过细胞完整的细胞膜。溴化乙锭含有一个可以嵌入DNA堆积碱基之间的一个三环平面基团。它与DNA的结合几乎没有碱基序列特异性。在高离子强度的饱和溶液中，大约每2.5个碱基插入一个溴化乙锭分子。当染料分子插入后，其平面基团与螺旋的轴线垂直并通过范德华力与上下碱基相互作用。这个基团的固定位置及其与碱基的密切接近，导致与DNA结合的染料呈现荧光，其荧光产率比游离溶液中染料有所增加。
生理意义 检测死细胞
激发波长545nm 发射波长605nm （红色）
备注 有强致癌性，不推荐
11. DAPI （DNA荧光探针）
原理 DAPI可以穿透细胞膜与细胞核中的双链DNA结合而发挥标记的作用，产生比自身强20多倍的荧光，且对活细胞无毒副作用。和EB相比，对双链DNA的染色灵敏度要高很多倍。DAPI也常用于普通的细胞核染色以及某些特定情况下的双链DNA染色。
生理意义 标记凋亡和死细胞的DNA
激发波长364nm 发射波长454nm （蓝色）
备注 与Hoechst功能相近，可以尝试
12. Calcein AM
原理 Calcein-AM由于在Calcein(钙黄绿素)的基础上加强了疏水性，因此能够轻易穿透活细胞膜。当其进入到细胞质后，酯酶会将其水解为Calcein(钙黄绿素)留在细胞内,发出强绿色荧光，且细胞毒性很低，适合用于活细胞染色。
生理意义 检测细胞膜完整性
激发波长494nm 发射波长517nm （绿色）
备注 跟FDA功能类似，细胞毒性很低，可以长时间标记细胞，但价格比较贵
13. BCECF-AM (pH荧光探针)
原理 BCECF-AM是一种可以穿透细胞膜的荧光染料，BCECF-AM没有荧光，进入细胞后被细胞内的酯酶水解成BCECF，从而被滞留在细胞内。BCECF在适当的pH值情况下可以被激发形成绿色荧光。
生理意义 检测细胞内pH
激发波长490nm 发射波长526nm （绿色）
备注 感觉意义不大
14. Tubulin-Tracker Red (微管红色荧光探针)
原理Tubulin-Tracker Red探针为荧光染料Alexa Fluor 555标记的抗α-Tubulin小鼠单克隆抗体(克隆号为DM1A)，可以识别α-Tubulin的425-450aa。可以用于人、小鼠、大鼠、牛、猪、豚鼠和禽类(avian)样品α-Tubulin的检测。
生理意义 标记细胞内微管
激发波长555nm 发射波长565nm （红色）
备注 红色荧光比较难拍，且价格较贵，作为筛选用可行性不大，可做机制研究用
15. Lyso-Tracker Red (溶酶体红色荧光探针)
原理 Lyso-Tracker Red为采用Molecular Probes公司的DND 99进行了荧光标记的带有弱碱性的荧光探针，可以选择性地滞留在偏酸性的溶酶体中，从而实现对于溶酶体的特异性荧光标记。中性红(Neutral Red)和吖啶橙(Acridine Orange)也都可以对溶酶体进行荧光染色，但中性红和吖啶橙的染色缺乏特异性。
生理意义 标记细胞溶酶体
激发波长577nm 发射波长590nm （红色）
备注 红色荧光比较难拍，且价格较贵，作为筛选用可行性不大，可做机制研究用
16. Golgi-Tracker Red (高尔基体红色荧光探针)
原理 Golgi-Tracker Red为采用Molecular Probes公司的BODIPY TR进行了荧光标记的C5-ceramide。Ceramide或其类似物可以选择性地和高尔基体结合，因此荧光标记的ceramide可以用作高尔基体特异性的荧光探针。
生理意义 标记细胞高尔基体
激发波长589nm 发射波长617nm (红色)
备注 红色荧光比较难拍，且价格较贵，作为筛选用可行性不大，可做机制研究用
17. ER-Tracker Red (内质网红色荧光探针)
原理 ER-Tracker Red为采用Molecular Probes公司的BODIPY TR进行了荧光标记的glibenclamide。Glibenclamide即glyburide，中文名为格列苯脲，是一种2型糖尿病治疗药物，可以结合主要定位在内质网上的sulphonylurea受体。因此荧光标记的glibenclamide就可以用作内质网特异性的荧光探针。ER-Tracker Red对于细胞的毒性极低。
生理意义 标记细胞内质网
激发波长587nm 发射波长615nm
备注 红色荧光比较难拍，且价格较贵，作为筛选用可行性不大，可做机制研究用
18. Mito-Tracker Green (线粒体绿色荧光探针) (绿色)
原理 Mito-Tracker Green为采用Molecular Probes公司的carbocyanine进行了荧光标记的一种Mito-Tracker，可以用作线粒体特异性的荧光探针。和rhodamine 123或JC-1相比，Mito-Tracker Green对于线粒体的染色不依赖于线粒体膜电位。
生理意义 标记细胞线粒体
激发波长490nm 发射波长516nm
备注 与罗丹明123不完全相同，可以考虑一试
19. DiI （细胞膜红色荧光探针）
原理 最常用的细胞膜荧光探针之一，呈现橙红色荧光。DiI是一种亲脂性膜染料，进入细胞膜后可以侧向扩散逐渐使整个细胞的细胞膜被染色。DiI在进入细胞膜之前荧光非常弱，仅当进入到细胞膜后才可以被激发出很强的荧光。
生理意义 标记细胞膜
激发波长549nm 发射波长565nm （红色）
备注 红色荧光比较难拍，且价格较贵，作为筛选用可行性不大，可做机制研究用
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