在新课程实施的过程中，尽管我们的前期准备工作、方案的筹划工作和制度的保障工作计划都做到走在前头，保障在前头，形成了比较严密的工作组织过程，但是，由于高中新课程是一项前所未有的教育改革活动，并没有经验可以借鉴，因此，在实验过程中，存在的问题也是不可避免的。
存在的问题和面临的困惑：
1、由于新课程在难度上有所提高，教师在课堂上处理教学内容时不敢放得太开，怕影响教学进度，课时不够。根据新课程理念真正要让学生的能力所提高，需要有更多的时间去研究、探讨。这对矛盾在新课程实施中无时不在。因此很多的探究都浮在表面，流于形式。所以课堂教学形式虽转变了，但收效不大。另外，学生学习时间明显减少，学生还没来得及消化，就转入下一个学期的学习，学习时间紧，学习负担重。
2、教材内容多而难，教材编写者高估了学生能力，特别是高估了普通校学生的能力，初高中教材的衔接做得也不够高明。新课程在内容编排上打乱了原来的顺序，内容多、难度大、版本也多，但配套资料少，在教学过程中教学难度不易把握。
3、教材（人教版）本身还存在一些不尽完善、值得商榷的地方。有的教材中模块僵化，各环节之间缺乏系统，感觉好像贴标签。
4、教学方法过分强调多媒体进课堂，评课表中将“能恰当地使用多媒体”作为必备条件之一。而且有的老师把别人的课件拿来就用，缺乏自己的教学思考。
5、学生传统的被动学习方式很难改变，部分学生对探究式学习不感兴趣。知识能力层次不同的学生在学习时产生了两极分化。有的问题讨论与老师最开始的设计初衷背道而驰。 6、有的教师将深奥的理论语言运用于课堂，而没有考虑到学生的实际，这种做法是否恰当令人深思。
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